Firma PacBio, będąca światowym liderem w produkcji systemów do sekwencjonowania kwasów nukleinowych, posiada w swej ofercie systemy SEQUEL IIe, REVIO oraz najnowszy system ONSO
System SEQUEL IIe
System SEQUEL IIe do masowego sekwencjonowania NGS w technologii SMRT™ Seq firmy PacBio (Menlo Park, Kalifornia, USA).
System Sequel IIe wraz z odczynnikami nowej generacji pozwalają na bardzo długie odczyty podczas sekwencjonowania sięgające ponad 60 Kpz.
- Analiza strukturalna genomu.
- Detekcja wariantów genetycznych w rejonach regulatorowych 5’UTR.
- Detekcja wariantów genetycznych w rejonach regulatorowych w rejonie intronów.
- Detekcja wariantów genetycznych w rejonach regulatorowych w rejonach 3’UTR.
- Sekwencjonowanie ekstremalnie długich rejonów powtórzeń CGG oraz powtórzeń AT – z racji długich odczytów znany jest kontekst w jakim znajdują się powtórzenia.
- Detekcja mutacji o częstości występowania 0.1%.
- Istnieje możliwość opisania polimorfizmu pojedynczych nukleotydów (ang. SNP), delecji, delecji tandemowych, duplikacji, VNTR, rozproszonych duplikacji, inwersji, insercji oraz translokacji.
- Sekwencjonowanie pełnej długości transkryptów zgodnie z protokołem IsoSeq – potężne narzędzie do badań transkryptomicznych. IsoSeq daje możliwość poznania sekwencji kompletnego transkryptu, określenie izoform splicingowych, poznanie miejsca poliadenylacji oraz określenie długości ogona polyA.
- Technologia SMRT™ daje również możliwość poznania modyfikacji epigenetycznych na podstawie analizy kinetyki reakcji. Możliwe jest pozycjonowanie modyfikacji takich jak: 6mA, 5mC, 5hmC, 5fC, 5caC, U, BaseJ. Inne systemy sekwencjonowania nie dają takich możliwości bez zastosowania dodatkowych odczynników chemicznych (choćby dwusiarczan sodu).
- Analiza danych pochodzących z sekwencjonowania przy użyciu narzędzi takich jak SMRT Analysis oraz PacBio DevNet.
System wysokoprzepustowy REVIO
System Revio™ umożliwia sekwencjonowanie długich fragmentów HiFi.
Wyróżnia się łatwą obsługą, niskimi kosztami eksploatacyjnymi oraz zapewnia wysoką przepustowość analiz.
System Revio oparty o technologię SMRT™ zapewnia czterokorotnie wyższą przepustowość niż system Sequel IIe – mieści aż 4 niezależne miejsca na SMARTCell (każdy SMART Cell zawiera aż 25 milionów studzienek reakcyjnych – ZMWs.)
System gwarantuje użytkownikowi krótszy o 6 godzin czas analizy w porównaniu do Systemu Sequel IIe.
NOWOŚĆ!!! System ONSO
Najwyższy poziom technologii NGS!
Firma PacBio wprowadza najnowszej generacji urządzenie NGS ONSO służące do sekwencjonowania NGS – dla krótkich fragmentów. System ONSO dedykowany jest do badań onkologicznych i do badań markerów nowotworowych.
System oparty jest na innowacyjnej technologii SBB (sequencing by binding) zapewniającej niespotykaną dotąd czułość i dokładność (15 x bardziej czuła metoda w porównaniu do obecnych systemów NGS)
System ONSO jest urządzeniem dedykowanym do diagnostyki onkologicznej wykorzystującej płynną biopsję i gwarantującym:
- 15 razy wyższą dokładność (90% Q40) w porównaniu do obecnych systemów NGS – mniejsza ilość sekwencjonowania próbki pozwala na obniżenie kosztów i zwiększenie przepustowości laboratorium.
- Ultra wysoka jakość, precyzja i wyjątkowa czułość wykrywania cfDNA dzięki wykorzystaniu technologii SBB.
- Wiarygodność badań – możliwość identyfikacji biomarkerów niedostrzeganych przez inne platformy sekwencjonowania.
- Obniżenie kosztów badania poprzez brak konieczności powtarzania prób
PRZYGOTOWANIE BIBLIOTEKI ONSO
Zestawy do przygotowania biblioteki Onso™ są używane do tworzenia bibliotek dla systemu sekwencjonowania PacBio® Onso z krótkim odczytem. Wykorzystując sprawdzone procesy sekwencjonowania nowej generacji (NGS), biblioteki mogą być tworzone w ciągu zaledwie 3 godzin z szerokiego zakresu typów próbek (np. fragmentaryczne lub wysokocząsteczkowe DNA) i ilości materiału wyjściowego (10-1,000 ng).