NGS – Systemy PacBio

Firma PacBio, będąca światowym liderem w produkcji systemów do sekwencjonowania kwasów nukleinowych, posiada w swej ofercie systemy SEQUEL IIe, REVIO oraz najnowszy system ONSO

System SEQUEL IIe

System SEQUEL IIe do masowego sekwencjonowania NGS w technologii SMRT™ Seq firmy PacBio (Menlo Park, Kalifornia, USA).

System Sequel IIe wraz z odczynnikami nowej generacji pozwalają na bardzo długie odczyty podczas sekwencjonowania sięgające ponad 60 Kpz.

System Sequel IIe
  • Analiza strukturalna genomu.
  • Detekcja wariantów genetycznych w rejonach regulatorowych 5’UTR.
  • Detekcja wariantów genetycznych w rejonach regulatorowych w rejonie intronów.
  • Detekcja wariantów genetycznych w rejonach regulatorowych w rejonach 3’UTR.
  • Sekwencjonowanie ekstremalnie długich rejonów powtórzeń CGG oraz powtórzeń AT – z racji długich odczytów znany jest kontekst w jakim znajdują się powtórzenia.
  • Detekcja mutacji o częstości występowania 0.1%.
  • Istnieje możliwość opisania polimorfizmu pojedynczych nukleotydów (ang. SNP), delecji, delecji tandemowych, duplikacji, VNTR, rozproszonych duplikacji, inwersji, insercji oraz translokacji.
  • Sekwencjonowanie pełnej długości transkryptów zgodnie z protokołem IsoSeq – potężne narzędzie do badań transkryptomicznych. IsoSeq daje możliwość poznania sekwencji kompletnego transkryptu, określenie izoform splicingowych, poznanie miejsca poliadenylacji oraz określenie długości ogona polyA.
  • Technologia SMRT™ daje również możliwość poznania modyfikacji epigenetycznych na podstawie analizy kinetyki reakcji. Możliwe jest pozycjonowanie modyfikacji takich jak: 6mA, 5mC, 5hmC, 5fC, 5caC, U, BaseJ. Inne systemy sekwencjonowania nie dają takich możliwości bez zastosowania dodatkowych odczynników chemicznych (choćby dwusiarczan sodu).
  • Analiza danych pochodzących z sekwencjonowania przy użyciu narzędzi takich jak SMRT Analysis oraz PacBio DevNet.

System wysokoprzepustowy REVIO

System Revio™ umożliwia sekwencjonowanie długich fragmentów HiFi.

Wyróżnia się łatwą obsługą, niskimi kosztami eksploatacyjnymi oraz zapewnia wysoką przepustowość analiz.

System Revio oparty o technologię  SMRT™ zapewnia czterokorotnie wyższą przepustowość niż system Sequel IIe – mieści aż 4 niezależne miejsca na SMARTCell (każdy SMART Cell zawiera aż 25 milionów studzienek reakcyjnych – ZMWs.)

System gwarantuje użytkownikowi krótszy o 6 godzin czas analizy w porównaniu do Systemu Sequel IIe.

System REVIO

NOWOŚĆ!!! System ONSO

Najwyższy poziom technologii NGS!

Firma PacBio wprowadza najnowszej generacji urządzenie NGS ONSO służące do sekwencjonowania NGS – dla krótkich fragmentów. System ONSO dedykowany jest do badań onkologicznych i do badań markerów nowotworowych.

System oparty jest na innowacyjnej technologii SBB (sequencing by binding) zapewniającej niespotykaną dotąd czułość i dokładność (15 x bardziej czuła metoda w porównaniu do obecnych systemów NGS)

System ONSO

System ONSO jest urządzeniem dedykowanym do diagnostyki onkologicznej wykorzystującej płynną biopsję i gwarantującym:

  • 15 razy wyższą dokładność (90% Q40) w porównaniu do obecnych systemów NGS – mniejsza ilość sekwencjonowania próbki pozwala na obniżenie kosztów i zwiększenie przepustowości laboratorium.
  • Ultra wysoka jakość, precyzja i wyjątkowa czułość wykrywania cfDNA dzięki wykorzystaniu technologii SBB.
  • Wiarygodność badań – możliwość identyfikacji biomarkerów niedostrzeganych przez inne platformy sekwencjonowania.
  • Obniżenie kosztów badania poprzez brak konieczności powtarzania prób

PRZYGOTOWANIE BIBLIOTEKI ONSO


Zestawy do przygotowania biblioteki Onso™ są używane do tworzenia bibliotek dla systemu sekwencjonowania PacBio® Onso z krótkim odczytem. Wykorzystując sprawdzone procesy sekwencjonowania nowej generacji (NGS), biblioteki mogą być tworzone w ciągu zaledwie 3 godzin z szerokiego zakresu typów próbek (np. fragmentaryczne lub wysokocząsteczkowe DNA) i ilości materiału wyjściowego (10-1,000 ng).