NGS – System PACB

System SEQUEL do masowego sekwencjonowania NGS w technologii SMRT™ Seq firmy Pacific Biosciences (Menlo Park, Kalifornia, USA).

Firma Pacific Biosciences, będąca światowym liderem w produkcji systemów do sekwencjonowania kwasów nukleinowych, posiada w swej ofercie systemy SEQUEL. Nowe urządzenie oraz odczynniki nowej generacji P6-C4 pozwalają na bardzo długie odczyty podczas sekwencjonowania sięgające ponad 60 Kpz.

  • Analiza strukturalna genomu.
  • Detekcja wariantów genetycznych w rejonach regulatorowych 5’UTR.
  • Detekcja wariantów genetycznych w rejonach regulatorowych w rejonie intronów.
  • Detekcja wariantów genetycznych w rejonach regulatorowych w rejonach 3’UTR.
  • Sekwencjonowanie ekstremalnie długich rejonów powtórzeń CGG oraz powtórzeń AT – z racji długich odczytów znany jest kontekst w jakim znajdują się powtórzenia.
  • Detekcja mutacji o częstości występowania 0.1%.
  • Istnieje możliwość opisania polimorfizmu pojedynczych nukleotydów (ang. SNP), delecji, delecji tandemowych, duplikacji, VNTR, rozproszonych duplikacji, inwersji, insercji oraz translokacji.
  • Sekwencjonowanie pełnej długości transkryptów zgodnie z protokołem IsoSeq – potężne narzędzie do badań transkryptomicznych. IsoSeq daje możliwość poznania sekwencji kompletnego transkryptu, określenie izoform splicingowych, poznanie miejsca poliadenylacji oraz określenie długości ogona polyA.
  • Technologia SMRT™ daje również możliwość poznania modyfikacji epigenetycznych na podstawie analizy kinetyki reakcji. Możliwe jest pozycjonowanie modyfikacji takich jak: 6mA, 5mC, 5hmC, 5fC, 5caC, U, BaseJ. Inne systemy sekwencjonowania nie dają takich możliwości bez zastosowania dodatkowych odczynników chemicznych (choćby dwusiarczan sodu).
  • Analiza danych pochodzących z sekwencjonowania przy użyciu narzędzi takich jak SMRT Analysis oraz PacBio DevNet.